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La actual Facultad de Ciencias Económico Administrativas, tiene su origen en la Escuela Superior de Comercio del Instituto de Estudios Superiores del Estado, en el año de 1972. Con la creación de la Universidad Autónoma de Tlaxcala, en el año de 1976 pasa a formar parte de esta Institución, iniciando con las Licenciaturas de Contaduría y Administración de Empresas.
En 1981 cambia la denominación de Escuela Superior de Comercio por la de Departamento de Comercio y Administración, impartiendo las Licenciaturas antes mencionadas.
En el año de 1990 se cambia el nombre de Departamento de Comercio y Administración por Departamento de Ciencias Económico Administrativas, y por acuerdo del H. Consejo Universitario de fecha 25 de noviembre de 2005, los Departamentos que conforman la Universidad Autónoma de Tlaxcala cambian su denominación a Facultades, quedando como Facultad de Ciencias Económico Administrativas.
Desde que la Universidad Autónoma de Tlaxcala se constituyó, en la FCEA han acontecido diversos cambios en su estructura organizacional así como en los Programas Educativos de Licenciatura, esto en una búsqueda constante de brindar mejores servicios. Ejemplo de ello es que en el año de 1977 fue necesario reorientar la carrera de Contador Público y Auditor, de tal forma que respondiera a las exigencias regionales. Por esta razón, se establece en la Facultad la Licenciatura en Contaduría Pública y Licenciatura en Administración de Empresas. Los planes de estudio de ambas carreras profesionales se cursaban en 8 semestres.